Als (ehemaliges) Mitglied des Bundestages war Winfried Nachtwei ab 2002 sicherheits- und abrüstungspolitischer Sprecher der Fraktion Bündnis 90/Grüne. Er war beteiligt an 70 Mandatsentscheidungen und hat mehr als 40 Besuche bei Kriseneinsätzen (insbesondere auf dem Balkan und in Afghanistan) absolviert. Er erstellte im Rahmen dieser Besuche umfängliche Berichte zu den jeweiligen zivilen, militärischen und polizeilichen Komponenten der Einsätze und ihrer Wirksamkeit.
Bereits seit dem Ende der 1980er Jahre liegt sein Fokus auf Ziviler Krisenprävention, Schutzverantwortung, Krisenengagement, Auslandseinsätzen, Friedensförderung und Erinnerungsarbeit (insbesondere zum deutschen Vernichtungskrieg im Osten und im Rahmen des deutschen Riga-Komitees).
Winfried Nachtwei ist außerdem Mitglied im Beirat für Fragen der Inneren Führung beim Bundesministerium der Verteidigung, Präsidiumsmitglied der deutschen Gesellschaft für die Vereinten Nationen, Vorstandsmitglied im Verein „Gegen Vergessen – Für Demokratie“ und war Sachverständiger in der Enquete-Kommission des Bundestages zum deutschen Afghanistan-Engagement.
Von 2011 bis 2018 war er Co-Vorsitzender des Beirats Zivile Krisenprävention und Friedensförderung.
