Als ehemaliges Mitglied des Bundestags war Winfried Nachtwei ab 2002 sicherheits- und abrüstungs-politischer Sprecher der Fraktion Bündnis 90/Grüne. Er war beteiligt an 70 Mandatsentscheidungen und hat mehr als 40 Besuche bei Kriseneinsätzen (insbesondere auf dem Balkan und in Afghanistan) absolviert. Er erstellte im Rahmen dieser Besuche umfängliche Berichte zu den jeweiligen zivilen, militärischen und polizeilichen Komponenten der Einsätze und ihrer Wirksamkeit. Bereits seit dem Ende der 1980er Jahre liegt sein Fokus auf Ziviler Krisenprävention, Schutzverantwortung, Krisenengagement, Auslandseinsätzen, Friedensförderung und Erinnerungsarbeit (z.B. im deutschen Riga-Komitee).
Winfried Nachtwei ist außerdem Mitglied im Beirat für Fragen der Inneren Führung im Bundesministerium der Verteidigung, Vorstandsmitglied der deutschen Gesellschaft für die Vereinten Nationen und Vorstandsmitglied im Verein Gegen Vergessen – Für Demokratie.
Von 2011 bis 2018 war er Co-Vorsitzender des Beirats zivile Krisenprävention und Friedensförderung.
